A FUMDHAM celebrou convênios com diversas instituições, visando o desenvolvimento e a diversificação dos programas de pesquisa, a proteção do meio ambiente e do patrimônio arqueológico e a aplicação dos resultados das pesquisas em programas de desenvolvimento regional.

Entre as instituições que já mantiveram parcerias com a fundação, destacam-se:

- Fundação Oswaldo Cruz do Rio de Janeiro,
- Universidade Estadual de Campinas,
- Universidade do Estado de São Paulo, UNESP,
- Universidade Federal de Pernambuco,
- Universidade Federal do Vale do São Francisco;
- Universidade de São Paulo,
- Universidade Federal Rural de Pernambuco,
- Universidade Federal do Piauí,
- Université Claude Bernard (Lyon, França),
- Université Lumière (Lyon, França);
- Ecole des Hautes Etudes en Sciences Sociales (França);
- Centre de Géomorphologie e Laboratoire des Faibles Radioactivitiés do Centre National de la Recherche Scientifique (França);
- Consiglio Nazionale delle Ricerche (Itália);
- Texas A & M University, USA;
- University of Newcastle, Reino Unido.

Em 1978, recebeu financiamento da Ford Foundation do Brasil. Para os programas de desenvolvimento econômico e social a FUMDHAM contou com recursos da Cooperação Técnica da Itália, do FNMA, do Banco Interamericano de Desenvolvimento (BID), do BNDES, do Ministério da Educação e do Ministério da Cultura. Os recursos que, permitiram nestes últimos anos a manutenção, vigilância e manejo do Parque Nacional foram proporcionados pela EMBRATEL, Telemar, Petrobrás, BNDES, Volkswagen e Correios, no quadro de um projeto de Mecenato do Ministério da Cultura. O Banco do Brasil e a Caixa Econômica Federal financiaram obras e instalações no Parque Nacional Serra da Capivara.